RNA测序

通过试验提取的RNA绝大部分使rRNA(核糖体),这部分RNA的序列的高度保守的,我们测序它们并不会得到多少有用的信息。我们需要测定的实际上需要测定的是mRNA(信使RNA),mRNA上的序列决定了蛋白质的氨基酸序列,从而决定了蛋白质的结构和功能。

高等生物,成熟mRNA的3’端,会有一个Poly(A)尾巴。poly源自希腊语,是一个前缀,表示很多很多。因此,设计一个Poly(T)探针,用于结合Poly(A),探针连有磁珠,利用磁性,可以把带有Poly(A)的mRNA分离出来。

接下来,用Mg2+溶液打断mRNA序列,然后用随机引物逆转录成cDNA,并补齐双链。

在双链的两边加上Y型接头,完成建库过程。

这种测序方案有一个很大的弊端,那就是Ploy(T)探针只能拉Ploy(A)。当mRNA序列完整的情况下,效果非常好,当出现了讲解,mRNA不再是5’到3’的完整序列时,靠近5’的序列会缺失。所以,RNA的完整性在该方案中起到非常重要的作用。

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