通过试验提取的RNA绝大部分使rRNA（核糖体），这部分RNA的序列的高度保守的，我们测序它们并不会得到多少有用的信息。我们需要测定的实际上需要测定的是mRNA（信使RNA），mRNA上的序列决定了蛋白质的氨基酸序列，从而决定了蛋白质的结构和功能。
高等生物，成熟mRNA的3’端，会有一个Poly（A）尾巴。poly源自希腊语，是一个前缀，表示很多很多。因此，设计一个Poly（T）探针，用于结合Poly（A），探针连有磁珠，利用磁性，可以把带有Poly（A）的mRNA分离出来。
接下来，用Mg2+溶液打断mRNA序列，然后用随机引物逆转录成cDNA，并补齐双链。
在双链的两边加上Y型接头，完成建库过程。
这种测序方案有一个很大的弊端，那就是Ploy（T）探针只能拉Ploy（A）。当mRNA序列完整的情况下，效果非常好，当出现了讲解，mRNA不再是5’到3’的完整序列时，靠近5’的序列会缺失。所以，RNA的完整性在该方案中起到非常重要的作用。