QTLIciMapping输入文件准备

编者按：生成的bip文件和snp文件不要直接用于分析。由于生成文件过程中未考虑亲本信息，需要将亲本基因型替换到相应位置！切记！bin文件中的位置信息应为遗传距离，由IciMapping软件生成，本程序中输出的是物理位置，不要直接做定位分析。未来有时间，我可能会完善程序，在我不那么忙的时候。

现在绝大多数情况下，使用的都是RIL或DH群体。因此，通常群体类型使用3或4。

HMP文件可以使用TASSEL软件筛选，染色体1-10，插入缺失全部去掉。需要注意的是，任意碱基座必须包含A、T、C、G四个碱基中的两个，否则会报错。

准备好基因型文件，即可使用本站开发的工具直接生成.snp文件，用于连锁图谱的构建。https://aozhangchina.github.io/R/getICIMappingFiles/getIciMappingFiles.html

若要获得.bip文件，需要增加一个表型文件，表型文件格式与META-R软件分析的BLUP结果相同。如下图。在程序第三次弹窗选择表型文件时，点取消，则不生成.bip文件。

除了上述两种文件，其他格式的文件可以根据生成的相应文件提供的信息进行修改。

输出文件列表：

bip_Chromosome.txt
bip_GeneralInfo.txt
bip_Genotype.txt
bip_LinkageMap.txt
bip_Phenotype.txt
my_icimapping_data.bip
my_icimapping_data.snp
snp_Anchor.txt
snp_GeneralInfo.txt
snp_Genotype.txt
snp_Parents.txt
marker_rename.txt

本机测试，991161个SNP不使用bin功能的情况下可以正常构建连锁图谱和ICIM-ADD分析，但分析时间很长。