标签: IciMapping

  • QTLIciMapping输入文件准备

    编者按:生成的bip文件和snp文件不要直接用于分析。由于生成文件过程中未考虑亲本信息,需要将亲本基因型替换到相应位置!切记!bin文件中的位置信息应为遗传距离,由IciMapping软件生成,本程序中输出的是物理位置,不要直接做定位分析。未来有时间,我可能会完善程序,在我不那么忙的时候。

    现在绝大多数情况下,使用的都是RIL或DH群体。因此,通常群体类型使用3或4。

    HMP文件可以使用TASSEL软件筛选,染色体1-10,插入缺失全部去掉。需要注意的是,任意碱基座必须包含A、T、C、G四个碱基中的两个,否则会报错。

    准备好基因型文件,即可使用本站开发的工具直接生成.snp文件,用于连锁图谱的构建。https://aozhangchina.github.io/R/getICIMappingFiles/getIciMappingFiles.html

    若要获得.bip文件,需要增加一个表型文件,表型文件格式与META-R软件分析的BLUP结果相同。如下图。在程序第三次弹窗选择表型文件时,点取消,则不生成.bip文件。

    图1 表型文件格式。

    除了上述两种文件,其他格式的文件可以根据生成的相应文件提供的信息进行修改。

    输出文件列表:

    bip_Chromosome.txt
    bip_GeneralInfo.txt
    bip_Genotype.txt
    bip_LinkageMap.txt
    bip_Phenotype.txt
    my_icimapping_data.bip
    my_icimapping_data.snp
    snp_Anchor.txt
    snp_GeneralInfo.txt
    snp_Genotype.txt
    snp_Parents.txt
    marker_rename.txt

    本机测试,991161个SNP不使用bin功能的情况下可以正常构建连锁图谱和ICIM-ADD分析,但分析时间很长。