R语言快速获取HMP文件SNP的等位基因信息

该代码主要用到剪切板和不同软件的灵活运用。

SNPs <- read.table("clipboard",header=F)

refere <- read.table("clipboard",header=T)

res <- refere[which(rownames(refere) %in% SNPs[,1]),]
write.table(res,"clipboard",sep="\t",quote=F,col.names=F,row.names=F)

运行步骤

1. 复制需要获得等位基因信息的SNP名称列表。例如：

S2_44435558
S3_151630215
S3_144885149
S4_181062027
S7_141142136
S9_76535431
S9_115952576
S10_137204131

2. 运行代码的第一行。

3. 用EmEditor打开基因型文件（HMP格式），选择制表符分隔，复制前两列。

4. 运行第三行到最后的代码。

5. 在需要的地方粘贴皆可。