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标签： allele

  • R语言快速获取HMP文件SNP的等位基因信息

    该代码主要用到剪切板和不同软件的灵活运用。

    SNPs <- read.table("clipboard",header=F)

refere <- read.table("clipboard",header=T)

res <- refere[which(rownames(refere) %in% SNPs[,1]),]
write.table(res,"clipboard",sep="\t",quote=F,col.names=F,row.names=F)

    运行步骤

    1. 复制需要获得等位基因信息的SNP名称列表。例如：

    S2_44435558
    S3_151630215
    S3_144885149
    S4_181062027
    S7_141142136
    S9_76535431
    S9_115952576
    S10_137204131

    2. 运行代码的第一行。

    3. 用EmEditor打开基因型文件（HMP格式），选择制表符分隔，复制前两列。

    4. 运行第三行到最后的代码。

    5. 在需要的地方粘贴皆可。