玉米突变体订购方法

该方法由沈阳农业大学生物科学技术学院植物学专业2020级金月婷提供。

玉米突变体的订购一般使用两个网站：MaizeGDB和中国农科院突变体库（MEMD）。

MaizeGDB

1. 登录网站https://maizegdb.org/。

2. 在右上角的搜索框搜索目的基因。

3. 若搜索得到了至少一个结果，选择搜索到的目的基因。

4. 选择GENE MODEL并且下拉列表点击种子库。

5. 选择订购种子。

6. 若无需其他突变体，则可直接提交，还需要其他如变体，重复上面的步骤。

7. 填写收货地址等信息。

中国农科院突变体库（MEMD）

1. 登录网站http://www.elabcaas.cn/memd/index.php。查看整个流程，并下载空白突变体信息表。

2. 首页搜索基因。可以根据基因ID、基因名称、染色体位置和表型搜索。

3. 这里以基因名为例，填写基因名称，选择参考基因组序列，勾选突变类型，即可搜索。

3.1 非同义突变是比较常见的突变类型的选择。

• 突变位置偏后，可能不会对原蛋白造成较大影响；
• 突变后的氨基酸与原氨基酸结构相似，可能影响也较小。
• 因此，在保守结构域的氨基酸结构变化较大的突变对蛋白影响更大。

3.1.2 复制步骤3结构里面的GeneID。

3.1.2 打开maizeGDB.org，在右侧的搜索栏填入GeneID并搜索。

3.1.3 在搜索的结果中点击GeneID。

3.1.4 选择序列，并复制最下方的蛋白序列。

3.1.5 使用Smart预测结构域。登录网站http://smart.embl-heidelberg.de/，选择一般模式。

3.1.6 输入基因名或蛋白质（氨基酸）序列。

3.1.7 获得保守结构域的位置信息。

3.1.8 回到3.1.4的位置，查找cDNA序列，找到第一个ATG（起始密码子）的位置，记为起始位置x，x+380×3的位置为第一个关键氨基酸位置的密码子起始位置，记作y。同理，最后一个关键氨基酸位置的起始密码子的位置=x+440×3+2，加2的目的是补齐到该密码子的最后一位，记作z。复制y到z之间的序列，该序列为编码关键蛋白的外显子序列。

3.1.9 将该序列比对到原基因序列上（包括内含子），比对可以使用BLAST方法。比对后，得到cDNA在整个基因上的相对位置。最后，再根据相对位置计算出最终物理位置。按照最终物理位置选择突变体。有些基因有多个转录本，需要对每个转录本分别执行上面步骤，获得多个关键物理位置。