标签： 密码子

零倍简并位点（zero-fold degenerate sites）：指的是密码子中的某个位置上任何一种碱基变异都会导致编码的氨基酸发生改变。这些位点没有简并性，也就是说，它们不容忍任何变异。

二倍简并位点（two-fold degenerate sites）：指的是密码子中的某个位置上只有两种碱基替换不会导致氨基酸的改变。在这种情况下，这个位置上的一些变异是容忍的，因为它们不会改变编码的氨基酸。

四倍简并位点（four-fold degenerate sites）：指的是密码子中的某个位置上所有四种碱基替换都不会导致氨基酸的改变。这些位点完全简并，任何碱基的变异都不会影响编码的氨基酸。

该方法由沈阳农业大学生物科学技术学院植物学专业2020级金月婷提供。

玉米突变体的订购一般使用两个网站：MaizeGDB和中国农科院突变体库（MEMD）。

MaizeGDB

1. 登录网站https://maizegdb.org/。

2. 在右上角的搜索框搜索目的基因。

3. 若搜索得到了至少一个结果，选择搜索到的目的基因。

4. 选择GENE MODEL并且下拉列表点击种子库。

5. 选择订购种子。

6. 若无需其他突变体，则可直接提交，还需要其他如变体，重复上面的步骤。

7. 填写收货地址等信息。

中国农科院突变体库（MEMD）

1. 登录网站http://www.elabcaas.cn/memd/index.php。查看整个流程，并下载空白突变体信息表。

2. 首页搜索基因。可以根据基因ID、基因名称、染色体位置和表型搜索。

3. 这里以基因名为例，填写基因名称，选择参考基因组序列，勾选突变类型，即可搜索。

3.1 非同义突变是比较常见的突变类型的选择。

• 突变位置偏后，可能不会对原蛋白造成较大影响；
• 突变后的氨基酸与原氨基酸结构相似，可能影响也较小。
• 因此，在保守结构域的氨基酸结构变化较大的突变对蛋白影响更大。

3.1.2 复制步骤3结构里面的GeneID。

3.1.2 打开maizeGDB.org，在右侧的搜索栏填入GeneID并搜索。

3.1.3 在搜索的结果中点击GeneID。

3.1.4 选择序列，并复制最下方的蛋白序列。

3.1.5 使用Smart预测结构域。登录网站http://smart.embl-heidelberg.de/，选择一般模式。

3.1.6 输入基因名或蛋白质（氨基酸）序列。

3.1.7 获得保守结构域的位置信息。

3.1.8 回到3.1.4的位置，查找cDNA序列，找到第一个ATG（起始密码子）的位置，记为起始位置x，x+380×3的位置为第一个关键氨基酸位置的密码子起始位置，记作y。同理，最后一个关键氨基酸位置的起始密码子的位置=x+440×3+2，加2的目的是补齐到该密码子的最后一位，记作z。复制y到z之间的序列，该序列为编码关键蛋白的外显子序列。

3.1.9 将该序列比对到原基因序列上（包括内含子），比对可以使用BLAST方法。比对后，得到cDNA在整个基因上的相对位置。最后，再根据相对位置计算出最终物理位置。按照最终物理位置选择突变体。有些基因有多个转录本，需要对每个转录本分别执行上面步骤，获得多个关键物理位置。