CIMMYT与中国合作40年【PDF】

在地球上数千种可食用植物中,玉米和小麦携手为人类健康提供了丰富的营养,它们共同占据了全球作物产量的四分之一。这两种植物作为各个国家烹饪的主要原料已有几千年的历史。
小麦是最先被驯化的作物,它是欧洲、西亚和北美的主粮。与其他主粮相比,小麦可以在更多的区域种植,是人类摄入蛋白的主要来源,也拥有大量的矿质元素。
玉米最早由古代墨西哥人大规模驯化。现在,玉米是撒哈拉以南非洲和拉丁美洲最重要的粮食作物,也是亚洲的重要作物。同时,玉米是全球最大的饲料作物。
在统计学中,数据可以分成很多类型:定性类和定量类、离散型和连续型、独立型和非独立型。
定量类属于数值型变量,如年龄和收入,是具体的数值。
定量类属于非数值型变量,如性别和民族,变量的值是描述性的,就像男、女、汉、苗等。
可以通过0点是否是真的0来判断是间断值还是比率值。
一般而言,非独立变量依赖于独立变量,而独立变量不依赖于非独立变量。
工业革命过后,世界人口有13亿人,其中亚洲、非洲和拉丁美洲有10亿人;欧洲、北美和大洋洲有3亿人。
二十世纪中叶,全球共有25亿人,其中亚洲、非洲和拉丁美洲有18亿人;欧洲、北美和大洋洲有7亿人。
跨入二十一世纪,全球人口60亿人,其中亚洲、非洲和拉丁美洲49亿人;欧洲、北美和大洋洲有11亿人。
二十一世纪中叶,全球人口达到98亿人,其中亚洲、非洲和拉丁美洲86亿人;欧洲、北美和大洋洲12亿人。
二十二世纪中叶,全球人口下降到97亿人,其中亚洲人、非洲和拉丁美洲人口87亿人;欧洲、北美和大洋洲人口10亿人。
发展中国家和欠发达国家的人口激增,必须解决粮食问题。
我们在记录数据时,经常会遇到缺失值。比如,统计一下全班同学的身高,恰巧有些同学今天生病没来,只记录了姓名或序号,却没有记录身高数值,这就造成了缺失。在R语言中,缺失值有两种形式,一种是NA,另一种是NaN,注意大小写。缺失值在实际统计运算中会对结果造成干扰,因此,在一些运算中需要先删除缺失值或使用补缺失(imputation)的方法,将缺失填充上值,再进行计算,降低对结果的影响。
NA表示的是测定的时候为空(Missing)或当前值不可用(Not available)。NaN表示无意义的值,比如0除以0(0/0)或者无穷减去无穷(Inf-Inf)。NaN在实际应用中并不常用,而NA在实际应用中非常常见。NA和NaN都是占位符,无意义,无法进行运算。
可以看一下实例,我们假设记录一个班级同学的身高(height),全班共7名同学(n=7)。
height <- c(171,165,159,198,146,NA,184) # 其中有一个缺失值
接下来,我们需要验证我们一共调差了几个同学,用到之前的length()函数。
length(height) # 查看向量中元素的个数
[1] 7
得到的答案是7,也就是我们一共调查了7个人。接下来,我们做一些基本的统计运算,比如计算这几个人的平均身高。还记得求平均值的函数吗?mean()
mean(height) # 计算平均身高,可以看到,下面的结果是NA,也就是NA对数据的计算造成了干扰
[1] NA
那么,我们应该怎么计算带有NA的均值呢?最简单的方法就是将NA去掉,然后再进行计算。R的内置函数中,已经集成了去掉NA的功能,即是用na.rm=T参数先去除数据中的NA再进行计算。
mean(height, na.rm=T) # 先去掉NA,再计算均值
[1] 170.5
在一些高级运算中,没有直接可用的R语言的内置函数,需要我们自己编写代码进行计算。我们该怎样处理缺失值呢?这就要求我们先知道缺失值的位置或个数,然后再进行相应处理。这里我们用sum()函数再算一次均值。
sumHeight <- sum(height, na.rm=T) # 对所有数据求和
numberHeight <- length(height)-sum(is.na(height)) # 有效数据数量
sumHeight/numberHeight # 计算均值
[1] 170.5
is.na()是专门处理缺失值的函数,它会得到一个与原向量等长的向量,并标注每一个对应的位置是否为缺失值。我们将sum()函数与is.na()函数连用,可以得到缺失值的个数,这可能很难理解,原因很简单,逻辑值FALSE被视为0,而逻辑值TRUE被视为1;is.na()得到的向量中,NA变成了TRUE(也就是1),非NA变成了FLASE(0),因此,用sum()函数可以求出缺失个数。下面,我们手动去掉缺失值,然后再计算平均值,用到which()函数,用来显示某个值的下标(位置)。
heightNoNA <- height[-which(is.na(height))] # 将有NA的数据去掉
heightNoNA <- height[!is.na(height)] # 将有NA的数据去掉
mean(heightNoNA) # 计算均值
[1] 170.5
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基本的设置已经完成了,希望对你的英语水平提高有所帮助。
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全国分子植物育种大会于2019年7月2日-7月5日在吉林省长春市召开,我校生物科学技术学院植物生理与种质创新团队青年教师张敖博士作为10名青年专家之一,在“青年科学家论坛”环节作题为《全基因组选择技术精度研究及玉米育种应用》的主题报告,反响热烈,展现了我校青年教师追逐科学前沿的精神风貌,标志着我校分子标记辅助育种水平跻身全国先进行列。
大会旨在整合分子育种理论、技术、平台和应用,为中国种业赶超世界先进水平提供革新的途径和交流平台。会上29位国际顶尖专家和10位青年专家分别进行了主题报告,专家团包括中美科学院院士、国家特聘专家、国家杰出青年基金获得者、国家重大专项主持人、跨国种业公司分子育种相关领域的首席科学家、具有巨大发展潜力的青年科学家等,内容涵盖分子育种的所有领域。大会现场注册人数近1000人,大会报告全球同步直播,截至目前,播放量超过2.2万人次。



2019年6月13日-2019年6月14日,为加强辽宁省植物基因工程技术研究中心和沈阳市玉米全基因选择育种重点实验室发展建设,促进东北作物育种从传统育种向国际领先的分子标记辅助育种转变,美国康奈尔大学牵头的基因组开源育种信息带头人工具门户(Genomic Open-source Breeding informatics initiative Tool Portal,GOBii)专家应生物科学技术学院植物生理与种植创新团队邀请,在我校图书馆510开展了为期2天的分子标记辅助育种技术专题研讨。
康奈尔大学育种生物信息技术应用专家Star Gao博士,国际玉米与小麦改良中心(CIMMYT)基因分型工具与服务带头人Eng Hwa NG博士和国际半干旱热带作物研究所(ICRISAT)基因组与分子育种家Hima bindu博士分别介绍了GOBii已经开发的育种流程和工具软件在国际农业研究磋商组织(CGIAR)成员单位中的使用案例;分子标记辅助育种一站式解决方案(EiB)的五大模块和显著降低测序费用的高通量测序基因分型项目(HTPG)。Star和Hima还分别演示了可视化基因型分析工具Flapjack和作物基因组分子决策工具Galaxy在育种流程中的使用。
北京粒隆种业科技、黑龙江省农业科学院、吉林省农业科学院、吉林省农业科学院、辽宁省农科院、宁夏农林科学院、青岛农业大学、瑞典斯文森公司、中科院东北地理与农业生态研究所和本校生物学院、工程学院、园艺学院、农学院水稻所、农学院特种玉米中心的近30名专家参加此次探讨。


