• 神奇的植物

    在地球上数千种可食用植物中,玉米和小麦携手为人类健康提供了丰富的营养,它们共同占据了全球作物产量的四分之一。这两种植物作为各个国家烹饪的主要原料已有几千年的历史。

    小麦是最先被驯化的作物,它是欧洲、西亚和北美的主粮。与其他主粮相比,小麦可以在更多的区域种植,是人类摄入蛋白的主要来源,也拥有大量的矿质元素。

    玉米最早由古代墨西哥人大规模驯化。现在,玉米是撒哈拉以南非洲和拉丁美洲最重要的粮食作物,也是亚洲的重要作物。同时,玉米是全球最大的饲料作物。

  • 数据的类型

    在统计学中,数据可以分成很多类型:定性类和定量类、离散型和连续型、独立型和非独立型。

    定性变量和定量变量

    定量类属于数值型变量,如年龄和收入,是具体的数值。

    定量类属于非数值型变量,如性别和民族,变量的值是描述性的,就像男、女、汉、苗等。

    • 定性类(Qualitative)
      • 名称(Nominal):描述性,如姓名、性别、邮政编码等,值为男、女、汉、蒙。它的顺序没有意义,也不能进行加减乘除运算。
      • 序号(Ordinal):看待某事的态度,完全同意、同意、无所谓、不同意、坚决不同意等,程度可以比较,但没有倍数关系,不能说完全同意并非2倍的同意。加减乘除也没有意义。
    • 定量类(Quantitative)
      • 序号(Ordinal):病害分级或好评分级,1、2、3、4、5星。同样,级别之间可以比较大小,但不能表示倍数关系,不能说4星不比2星好(差)两倍。加减乘除也没有意义。
      • 间断值(Interval):温度。严格来说可以加减,但不能乘除。不能说40℃是20℃的2倍温暖。0℃不代表真的0,不是没有数量,而是有温度的。
      • 比率值(Ratio):身高、体重、年龄等。既可以加减、也可以乘除,数值间可以有倍数关系。0表示真正的0,没有数值。可以确定的说2米比1米高两倍。

    可以通过0点是否是真的0来判断是间断值还是比率值。

    离散型变量和连续型变量

    • 离散型变量:有确定的值,且值与值之间有间隙,一般不能取小数。如,汽车的个数,家里孩子的个数。
    • 连续型变量:几乎可以取到每一个值,精确的小数位数取决于测量方法和精度。比如身高、体重。

    独立类和非独立类

    • 独立类:变量值的改变不依赖于其他变量。比如学习时间是独立变量。
    • 非独立类:变量值的变化依赖于其他变量。比如考试成绩是非独立变量,依赖于学习时间。

    一般而言,非独立变量依赖于独立变量,而独立变量不依赖于非独立变量。

  • 世界人口,1985-2150

    1985年

    工业革命过后,世界人口有13亿人,其中亚洲、非洲和拉丁美洲有10亿人;欧洲、北美和大洋洲有3亿人。

    1950年

    二十世纪中叶,全球共有25亿人,其中亚洲、非洲和拉丁美洲有18亿人;欧洲、北美和大洋洲有7亿人。

    2000年

    跨入二十一世纪,全球人口60亿人,其中亚洲、非洲和拉丁美洲49亿人;欧洲、北美和大洋洲有11亿人。

    2050年

    二十一世纪中叶,全球人口达到98亿人,其中亚洲、非洲和拉丁美洲86亿人;欧洲、北美和大洋洲12亿人。

    2150年

    二十二世纪中叶,全球人口下降到97亿人,其中亚洲人、非洲和拉丁美洲人口87亿人;欧洲、北美和大洋洲人口10亿人。

    发展中国家和欠发达国家的人口激增,必须解决粮食问题。

  • 第五章 R语言的缺失值

    我们在记录数据时,经常会遇到缺失值。比如,统计一下全班同学的身高,恰巧有些同学今天生病没来,只记录了姓名或序号,却没有记录身高数值,这就造成了缺失。在R语言中,缺失值有两种形式,一种是NA,另一种是NaN,注意大小写。缺失值在实际统计运算中会对结果造成干扰,因此,在一些运算中需要先删除缺失值或使用补缺失(imputation)的方法,将缺失填充上值,再进行计算,降低对结果的影响。

    NA表示的是测定的时候为空(Missing)或当前值不可用(Not available)。NaN表示无意义的值,比如0除以0(0/0)或者无穷减去无穷(Inf-Inf)。NaN在实际应用中并不常用,而NA在实际应用中非常常见。NA和NaN都是占位符,无意义,无法进行运算。

    可以看一下实例,我们假设记录一个班级同学的身高(height),全班共7名同学(n=7)。

    height <- c(171,165,159,198,146,NA,184) # 其中有一个缺失值

    接下来,我们需要验证我们一共调差了几个同学,用到之前的length()函数。

    length(height) # 查看向量中元素的个数

    [1] 7

    得到的答案是7,也就是我们一共调查了7个人。接下来,我们做一些基本的统计运算,比如计算这几个人的平均身高。还记得求平均值的函数吗?mean()

    mean(height) # 计算平均身高,可以看到,下面的结果是NA,也就是NA对数据的计算造成了干扰

    [1] NA

    那么,我们应该怎么计算带有NA的均值呢?最简单的方法就是将NA去掉,然后再进行计算。R的内置函数中,已经集成了去掉NA的功能,即是用na.rm=T参数先去除数据中的NA再进行计算。

    mean(height, na.rm=T) # 先去掉NA,再计算均值

    [1] 170.5

    在一些高级运算中,没有直接可用的R语言的内置函数,需要我们自己编写代码进行计算。我们该怎样处理缺失值呢?这就要求我们先知道缺失值的位置或个数,然后再进行相应处理。这里我们用sum()函数再算一次均值。

    sumHeight <- sum(height, na.rm=T) # 对所有数据求和

    numberHeight <- length(height)-sum(is.na(height)) # 有效数据数量

    sumHeight/numberHeight # 计算均值

    [1] 170.5

    is.na()是专门处理缺失值的函数,它会得到一个与原向量等长的向量,并标注每一个对应的位置是否为缺失值。我们将sum()函数与is.na()函数连用,可以得到缺失值的个数,这可能很难理解,原因很简单,逻辑值FALSE被视为0,而逻辑值TRUE被视为1;is.na()得到的向量中,NA变成了TRUE(也就是1),非NA变成了FLASE(0),因此,用sum()函数可以求出缺失个数。下面,我们手动去掉缺失值,然后再计算平均值,用到which()函数,用来显示某个值的下标(位置)。

    heightNoNA <- height[-which(is.na(height))] # 将有NA的数据去掉

    heightNoNA <- height[!is.na(height)] # 将有NA的数据去掉

    mean(heightNoNA) # 计算均值

    [1] 170.5

    思考题:

    1. 用is.na()求缺失值个数。
    2. 不使用is.na()求出缺失值的个数。
    3. 写出能将NA下标(位置)显示出来的函数组合。
    4. 组合上面函数,写一行代码,直接算出平均值。
      # mean(height[!is.na(height)])
  • Excel常用快捷键

    F1帮助
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    F5打开定位对话框
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    CTRL+3斜体
    CTRL+4下划线
    CTRL+5删除线
    CTRL+9隐藏当前行
    CTRL+0隐藏当前列
  • QTranslate——科研翻译神器

    很遗憾,该软件已经停止更新,作者的网站已经无法打开。

    QTranslate是quest soft开发的一款聚合多个翻译服务的聚合型软件,是一个非常棒的免费软件,它体型小巧(不足1M),只运行在Windows平台。该软件可以对比多家翻译平台结果,用户可以自行判断最佳翻译。

    【官方网站(国内可能禁止访问)】

    https://quest-app.appspot.com

    【当前最新版本6.9.0下载地址】

    Download QTranslate 6.9.0 (qtranslate1.appspot.com)

    QTranslate.6.9.0.exe — Yandex.Disk (yadi.sk)

    https://share.weiyun.com/5I4Kea6f 密码:z98ib7

    【快捷键】

    双击CTRL可以调出翻译框。

    选中要翻译的文本,同时按CTRL+Q可以快速翻译。

    选中要翻译的文本,同时按CTRL+E可以发音。

    选中要查询的词,同时按CTRL+SHIFT+Q进行单词详解。

    【必要设置】

    由于该软件聚合了很多翻译服务,而且国内大部分都访问不了,因此需要进行设置,让软件使用更高效。

    1. 首先,在软件主界面点击竖向的三个点,再进入设置,如图所示。

    qtranslate1

    2. 进入高级选项卡,选择将首选域改为.cn,这样谷歌翻译可以使用,见图。

    qtranslate2

    3. 进入服务选项卡,将不常用的一些翻译服务和词典去掉(国内无法访问),如图。

    qtranslate3

    基本的设置已经完成了,希望对你的英语水平提高有所帮助。

    【文本识别】

    目前该功能并没有腾讯QQ/TIM的截图功能中提供的翻译识别好用,毕竟服务器在国外,而且用的免费授权,网络拥堵会出现一些状况,推荐使用腾讯服务。

    通过该功能,图片上的英文也可以很容易的复制和翻译,该功能可以在设置中添加快捷键,推荐使用CTRL+SHIFT+E,以避免和其他软件冲突。

    qtranslate4
  • 【新闻报道】张敖在全国分子植物育种大会上作报告

    全国分子植物育种大会于2019年7月2日-7月5日在吉林省长春市召开,我校生物科学技术学院植物生理与种质创新团队青年教师张敖博士作为10名青年专家之一,在“青年科学家论坛”环节作题为《全基因组选择技术精度研究及玉米育种应用》的主题报告,反响热烈,展现了我校青年教师追逐科学前沿的精神风貌,标志着我校分子标记辅助育种水平跻身全国先进行列。

    大会旨在整合分子育种理论、技术、平台和应用,为中国种业赶超世界先进水平提供革新的途径和交流平台。会上29位国际顶尖专家和10位青年专家分别进行了主题报告,专家团包括中美科学院院士、国家特聘专家、国家杰出青年基金获得者、国家重大专项主持人、跨国种业公司分子育种相关领域的首席科学家、具有巨大发展潜力的青年科学家等,内容涵盖分子育种的所有领域。大会现场注册人数近1000人,大会报告全球同步直播,截至目前,播放量超过2.2万人次。

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  • 【新闻报道】2019美国康奈尔大学GOBii分子辅助育种培训在沈农成功举办

    2019年6月13日-2019年6月14日,为加强辽宁省植物基因工程技术研究中心和沈阳市玉米全基因选择育种重点实验室发展建设,促进东北作物育种从传统育种向国际领先的分子标记辅助育种转变,美国康奈尔大学牵头的基因组开源育种信息带头人工具门户(Genomic Open-source Breeding informatics initiative Tool Portal,GOBii)专家应生物科学技术学院植物生理与种植创新团队邀请,在我校图书馆510开展了为期2天的分子标记辅助育种技术专题研讨。
    康奈尔大学育种生物信息技术应用专家Star Gao博士,国际玉米与小麦改良中心(CIMMYT)基因分型工具与服务带头人Eng Hwa NG博士和国际半干旱热带作物研究所(ICRISAT)基因组与分子育种家Hima bindu博士分别介绍了GOBii已经开发的育种流程和工具软件在国际农业研究磋商组织(CGIAR)成员单位中的使用案例;分子标记辅助育种一站式解决方案(EiB)的五大模块和显著降低测序费用的高通量测序基因分型项目(HTPG)。Star和Hima还分别演示了可视化基因型分析工具Flapjack和作物基因组分子决策工具Galaxy在育种流程中的使用。
    北京粒隆种业科技、黑龙江省农业科学院、吉林省农业科学院、吉林省农业科学院、辽宁省农科院、宁夏农林科学院、青岛农业大学、瑞典斯文森公司、中科院东北地理与农业生态研究所和本校生物学院、工程学院、园艺学院、农学院水稻所、农学院特种玉米中心的近30名专家参加此次探讨。

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