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“.hmp”——Hapmap格式
HapMap是一种基于纯文本的遗传学格式，用于存储序列数据。单核苷酸多态（SNP）和种质的所有信息都存储在.hmp文件中。第一行为标题行，其他行包含了当前材料的SNP信息。前11列描述了SNP的属性，第12开始是SNP的碱基。
2023年10月13日
Hardy-Weinberg equilibrium
当群体很大且随机交配，且没有自然选择、基因漂移、突变等因素干扰时，群体中等位基因频率和基因型频率保持稳定的状态。
2023年10月13日
【新闻报道】张敖博士在第四届全国玉米科技青年论坛做专题报告
为加强玉米科技青年工作者之间的交流，提升学术水平和科技创新能力，促进我国玉米产业可持续发展，由中国作物学会青年工作委员会和国家玉米产业技术体系主办，四川农业大学、四川省农业科学院承办的“第四届全国玉米科技青年论坛”于2023年8月4日-6日在四川省成都市召开。在本次论坛上，沈阳农业大学生物科学技术学院张敖博士以“玉米全基因组选择的杂交种预测和应用”为主题做了专题报告。
在报告中，张敖博士首先介绍了全基因组选择技术的基本概念和受限制因素。全基因组选择技术是玉米育种中十分有潜力的工具，全面提高玉米杂交种产量、品质和抗性。
接着，张敖博士阐述了玉米全基因组选择的群体构建、标记密度、基因分型平台选择、杂交种预测等内容，展示了该技术在玉米育种实践中的重要价值。建立卷积神经网络模型，可以为玉米育种提供更加科学和有效的手段。
张敖博士的报告为第四届全国玉米科技青年论坛增添了亮点，对于推动玉米全基因组选择技术的发展和应用具有重要意义。与会者表示，通过本次论坛，他们不仅了解了全基因组选择技术的基本原理和应用，还获得了宝贵的经验和启示，将有助于未来的研究和实践。
希望广大科技工作者能够继续关注和支持玉米科技研究，共同推动我国玉米产业的持续发展。
2023年8月7日
【新闻报道】张学才高级科学家到沈农做学术报告
　　6月28日，国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）全球玉米项目组拉丁美洲分子育种实验室主任张学才高级科学家应沈阳农业大学生物科学技术学院和国际交流处的邀请，赴沈阳农业大学做学术交流。
2023年6月30日
【新闻报道】张学才高级科学家哈尔滨一行
　　CIMMYT拉丁美洲分子育种实验室主任，高级科学家，张学才博士，沈阳农业大学生物科学技术学院张敖讲师，河北农业大学农学院王楠副教授，河北省农科院郭锐博士参加了《第六届全国玉米生物学学术研讨会》，张学才主任做了专题报告。
　　6月26日，张学才高级科学家一行赴黑龙江农科院玉米所进行学术交流。
　　6月27日，张学才主任一行来到垦丰种业调研。
2023年6月30日
Chlorophyll content and area under the curve of the associated population
1. An association panel comprising 378 diverse maize inbred lines from the northeast of China, the temperate region in the United States and the International Maize and Wheat Improvement Center (CIMMYT), Mexico, were used for GWAS. All materials were kept in the College of Bioscience and Biotechnology, Shenyang Agricultural University.
genotype.hmp_下载
2. Phenotypic Data Collection. The 378 inbred lines were grown in Fushun City, Liaoning Province, China (121°74′ E, 42°14′ N) in May 2017 (17FS) and Ledong city, Hainan Province, China (108°39′ E, 18°24′ N) in November 2017 (17LD). Fifteen plants were planted in a 2.5 m long row with 0.6 m row distance, and the planting density was approximately 45,000 plants/ha. The inbred lines were labeled before pollination for standard field management. Chlorophyll content was measured using a portable chlorophyll meter (SPAD-502, plus Konica Minolta, Tokyo, Japan), which was non-destructive, fast and cheap. SPAD-502 readings were taken from five plants per plot on five dates at a 5 d interval starting 0 d after silking. There were three measurements in the middle of the ear leaf for each plant, and the average value was used for the statistical analysis. The area under the chlorophyll content curve (AUCCC) was calculated based on SPAD-502 readings on all measure dates.
17FS-AUCCC 下载
17FS-chlorophyll-content 下载
17LD-AUCCC 下载
17LD-chlorophyll-content 下载
short link of this page（本页链接）：https://wp.me/p80aHo-L5
2023年4月28日

从参考基因组选取特定位置的碱基

R代码如下

#BiocManager::install('seqinr')   # 如果没安装过这包，先安装
library(seqinr)
library(stringr)
fasta <- read.fasta(file = "C:\\Users\\zhang\\Desktop\\Zea_mays.AGPv4.dna.chromosome.1.fa",
    as.string = TRUE,
    forceDNAtolower = FALSE)   # 修改上面的路径，fasta格式文件
class(fasta)

a1 <- fasta[[2]][1]   # 这里的[1]不用改，[[2]]表示排在第二的染色体，玉米中是2号染色体
str(a1)
a1 <- strsplit(a1,"")
str(a1)
b <- read.table("clipboard",header=F)   # 从excel复制需要的染色体位置信息
# b <- c(1,2,3,4,5)
k <- data.frame(1:nrow(b))
for (i in 1:nrow(b)){
    txt <- paste0("k[",i,",1] <- a1[[1]][as.numeric(b[",i,",1])]")
    eval(parse(text=txt))
}

write.table(k,"C:\\Users\\zhang\\Desktop\\123.txt",row.names=F,col.names=F,sep="\t",quote=F)

Excel染色体位置信息如下，注意，这里没有包含染色体信息，需要每个染色体单独做。

82048
82052
82071
82079
82089
82097
82100
82104
82107
82136
82148
82185
114009
114027
114043
114092
114103
114168

2023年4月13日

C#指定type的列表

// See https://aka.ms/new-console-template for more information
using System.Collections;

namespace Helloworld
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            var list = new List&lt;int&gt;();
            list.Add(1);
            list.Add(2);
            list.Add(3);
            Console.WriteLine(list[1]);
        }
    }
}

2023年3月11日

外植体
外植体是用于接种培养的各种植物材料。包括各种器官、组织甚至原生质体。外植体通常选择健壮植株无病虫的器官或组织。
在植物组织培养中，外植体可以用于再生植株、诱导愈伤组织、转化外源基因等。
2023年3月10日

C#中的base关键字

在C#中，从一个基类继承的另一个类，如果需要传递参数，需要使用base关键字。

// See https://aka.ms/new-console-template for more information
using HelloWorld;

namespace HelloWorld
{
    public class Staff
    {
        public Staff()
        {
            Console.WriteLine("员工初始化"); 
        }
        public int Number { get; set; }
        public Staff(int number)
        {
            this.Number = number;
        }
    }
    public class Manager :Staff
    {
        public Manager()
        {
            Console.WriteLine("经理初始化");
        }
        public Manager(int number) : base(number)
        {
            Console.WriteLine($"{number}经理初始化");
        }
    }
    class Problem
    {
        static void Main(string[] args) {
            var manager = new Manager(123);
        }
        
    }
}

2023年3月9日