分类： Tools

Tassel结果的曼哈顿图绘制工具
【功能】
利用Tassel绘制的曼哈顿图并不好看，可以利用该工具重新绘制曼哈顿图用于文章发表。
【测试】
安阳农科院宋俊乔
新疆农业大学任姣姣
沈阳农业大学陈珊
沈阳农业大学刘美玲
【图片展示】
【更新历史】
2023年5月9日
- 修正了CMplot包更新导致的问题。
2020年8月17日
- 增加了国内线路。
2020年8月6日
- 增加了QQ图的绘制。
2020年7月30日
- 修复了多性状画图出错的BUG。
- 修复了染色体中有NA画图出错的BUG。
- 增加了显示性状名称作为图片标题。
2020年7月1日
- 修正了数据无NA时报错的BUG。
2020年6月16日
- 增加了画阈值线功能，阈值需要用1e-x表示，无阈值线写NULL。
2020年1月14日
- 增加了自动去掉None数据的功能，避免程序出错。
- 结果自动命名为【原文件名_性状名】的形式。
2020年1月13日
- 利用CMplot包画TASSEL计算的结果的曼哈顿图。
【使用方法】
在Rstudio中运行下列代码。然后选择需要作图的TASSEL生成文件。文件名和路径中不要有中文，否则出错。
海外：
```
rm(list=ls())
threshold_line <- 1e-06   # threshold = 6 LOD or NULL
source("https://aozhangchina.github.io/R/manhattanPlot/manhattanPlot.r")   # 加载程序文件，需要联网
```
国内：
```
rm(list=ls())
threshold_line <- 1e-06   # threshold = 6 LOD or NULL
source("https://dataholdcn.cn/R/manhattanPlot/manhattanPlot.r")   # 加载程序文件，需要联网
```
本页短链接：https://wp.me/p80aHo-7m
2020年1月14日

Excel常用快捷键

F1	帮助
F2	编辑
F4	重复操作
F5	打开定位对话框
F6	下一个窗格，一般会依次选择工作表栏目、状态栏、菜单栏
F7	拼写检查
F8	扩展式选定
F9	计算所有公式
F10	键盘选择菜单栏
F11	新建图表
F12	另存为
=	输入公式
Insert	插入模式
Delete	删除
Home	到当前行的第一列
End，Home	到已使用行列的最后一个单元格
SHIFT+F2	当前单元格添加/编辑注释
SHIFT+F3	添加公式
SHIFT+F5	查找
SHIFT+F4	查找下一个
SHIFT+F6	上一个窗格，一般会依次选择菜单栏、状态栏、工作表栏目
SHIFT+F7	打开同义词库（英文）
SHIFT+F8	点选多个单元格删除或CTRL+ENTER同时添加内容
SHIFT+F9	计算工作表
SHIFT+F10	属性菜单
SHIFT+F11	新建工作表
SHIFT+F12	保存
SHIFT+方向键	向某方向连续选择单元格
CTRL+F3	打开名称管理器
CTRL+F4	关闭
CTRL+F6	下一个工作簿
CTRL+1	设置单元格格式
CTRL+2	加粗
CTRL+3	斜体
CTRL+4	下划线
CTRL+5	删除线
CTRL+9	隐藏当前行
CTRL+0	隐藏当前列

2019年7月26日

QTranslate——科研翻译神器
很遗憾，该软件已经停止更新，作者的网站已经无法打开。
QTranslate是quest soft开发的一款聚合多个翻译服务的聚合型软件，是一个非常棒的免费软件，它体型小巧（不足1M），只运行在Windows平台。该软件可以对比多家翻译平台结果，用户可以自行判断最佳翻译。
【官方网站（国内可能禁止访问）】
https://quest-app.appspot.com
【当前最新版本6.9.0下载地址】
Download QTranslate 6.9.0 (qtranslate1.appspot.com)
QTranslate.6.9.0.exe — Yandex.Disk (yadi.sk)
https://share.weiyun.com/5I4Kea6f 密码：z98ib7
【快捷键】
双击CTRL可以调出翻译框。
选中要翻译的文本，同时按CTRL+Q可以快速翻译。
选中要翻译的文本，同时按CTRL+E可以发音。
选中要查询的词，同时按CTRL+SHIFT+Q进行单词详解。
【必要设置】
由于该软件聚合了很多翻译服务，而且国内大部分都访问不了，因此需要进行设置，让软件使用更高效。
1. 首先，在软件主界面点击竖向的三个点，再进入设置，如图所示。
2. 进入高级选项卡，选择将首选域改为.cn，这样谷歌翻译可以使用，见图。
3. 进入服务选项卡，将不常用的一些翻译服务和词典去掉（国内无法访问），如图。
基本的设置已经完成了，希望对你的英语水平提高有所帮助。
【文本识别】
目前该功能并没有腾讯QQ/TIM的截图功能中提供的翻译识别好用，毕竟服务器在国外，而且用的免费授权，网络拥堵会出现一些状况，推荐使用腾讯服务。
~~通过该功能，图片上的英文也可以很容易的复制和翻译，该功能可以在设置中添加快捷键，推荐使用CTRL+SHIFT+E，以避免和其他软件冲突。~~
2019年7月25日
VSCode使用中文界面【已过时】
该教程用于Visual Studio Code测试版本（无中文版选择），正式版本可以直接选择中文版。
————
VSCode是微软开发的轻量级、免费、开源、跨平台的代码编辑器，具有界面友好，功能强大等特点。不幸的是，默认情况下，该编辑器是英文的，E文不好的同学可能使用起来会有些麻烦。其实，VSCode简单3步就可以切换到中文界面。
1. 打开主界面，鼠标单击【插件】按钮。
2. 在搜索框输入“CHINESE”，然后点击【Install】按钮。（需联网）3. 点右下角的【Restart Now】，重新打开VSCode。4. 界面已经修改为中文。
2019年3月23日

QTL IciMapping基本信息

QTL IciMapping是中国农业科学院作物科学研究所开发的一款整合型的QTL作图工具。

软件集成8大功能

（1）BIN，冗余标记去除；

（2）MAP，连锁图谱构建；

（3）CMP：多图谱共有标记分析；

（4）SDL，分离失真基因座图谱构建；

（5）BIP，加、显性和双基因上位效应作图；

（6）MET，执行G×E，多环境需要多个输入文件；

（7）CSL，染色体片段置换系的加、显、上位性作图；

（8）NAM，NAM群体的QTL作图。

其中，前4项功能只需要分子标记信息即可进行，后4项功能既需要分子标记信息也需要表型数据。

群体类型

群体类型不同，等位基因及基因型的理论频率不同，QTL IciMapping将群体分为20个类型+一个NAM群体，如图所示：

理论频率如下表：

Population no.	Full name	Genotype			Allele
Population no.	Full name	AA	AB	BB	A	B
1	P₁BC₁F₁	0.5	0.5	0	0.75	0.25
2	P₂BC₁F₁	0	0.5	0.5	0.25	0.75
3	F₁DH	0.5	0	0.5	0.5	0.5
4	F₁RIL	0.5	0	0.5	0.5	0.5
5	P₁BC₁RIL	0.75	0	0.25	0.75	0.25
6	P₂BC₁RIL	0.25	0	0.75	0.25	0.75
7	F₂	0.25	0.5	0.25	0.5	0.5
8	F₃	0.375	0.25	0.375	0.5	0.5
9	P₁BC₂F₁	0.75	0.25	0	0.875	0.125
10	P₂BC₂F₁	0	0.25	0.75	0.125	0.875
11	P₁BC₂RIL	0.875	0	0.125	0.875	0.125
12	P₂BC₂RIL	0.125	0	0.875	0.125	0.875
13	P₁BC₁F₂	0.625	0.25	0.125	0.75	0.25
14	P₂BC₁F₂	0.125	0.25	0.625	0.25	0.75
15	P₁BC₂F₂	0.8125	0.125	0.0625	0.875	0.125
16	P₂BC₂F₂	0.0625	0.125	0.8125	0.125	0.875
17	P₁BC₁DH	0.75	0	0.25	0.75	0.25
18	P₂BC₁DH	0.25	0	0.75	0.25	0.75
19	P₁BC₂DH	0.875	0	0.125	0.875	0.125
20	P₂BC₂DH	0.125	0	0.875	0.125	0.875

AA和BB是两个亲本贡献的基因型。

等位基因编码表

Genotype	AA	AB	BB	Missing	AB + AA	AB + BB
Encoding options	2	1	0	− 1	12, D	10, R
	A	H	B	X	AH, HA	BH, HB
	AA	AB	BB	XX	AX, XA	BX, XB
		BA		*	A, A	B, B
				**	A_, _A	B_, _B
Encoding by number	2	1	0	− 1	12	10
Encoding by single letter	A	H	B	X	D	R
Encoding by double letters	AA	AB	BB	XX	AX	XB

比较推荐使用数字编码规则，即亲本1=2，亲本2=0，杂合=1，缺失=-1。在孟德尔遗传条件下，无法区分杂合和纯和显性的情况下，使用12和10，SNP标记由于可以确定和某一个亲本一致，因此用不到这两项。

输出文件

MTP	在遗传群体中，不同标记和分离失真的卡方检验的频率
SUM	构建组合连锁图谱的概要
LOD	组合连锁关系（针对独立继承）的成对标记LOD值测试的下三角矩阵
REC	标记成对组合重组率估计估计的下三角矩阵
DIS	从组合重组率计算标记成对遗传距离（cM）的下三角矩阵
SDL	SDL功能的输入文件，用于分离失真基因座作图
BIP	BIL功能的输入文件，可在添加表型文件后进行加性和上位性作图
MET	MET功能的输入文件，添加多环境数据后，计算QTL与环境互作

名词解释

染色体片段置换系（CSS，chromosome segment substitution），也叫做渐渗系（introgression lines），通常需要经过反复回交（有时使用分子标记来辅助选择），突出目标片段，而使非有效基因座上的基因替换为已知背景。在理想状态下，每个片段中包含一个QTL，去除背景，很容易验证是否片段中携带QTL。然而，CSS群体的构建需要很长时间，而且工作量巨大。在低世代的CSS中，有些片段含有多个QTL。在高强度的选择下，基因和标记的频率不遵循孟德尔遗传定律。因此，CSS的QTL作图方法采用基于逐步回归的似然比检测（stepwise regression-based likelihood ratio test，RSTEP-LRT）。

NAM（nested association mapping）群体，是巢式关联作图群体，由一个共同亲本和多个亲本产生的若干RIL家系组成的多重交叉组配设计群体。对NAM群体的QTL方法叫联合复合区间作图群体（ joint inclusive composite interval mapping，JICIM）。

2018年5月29日

FileZilla——免费高效的FTP解决方案
官方网站：https://filezilla-project.org/
FileZilla是一款开源免费的跨平台FTP工具，支持FTP、FTPS、SFTP等几乎所有常见文件传输协议，支持多个标签同时工作，同时能够完美适配中文。具备站点管理器功能，可以记忆站点配置，无需每次都输入密码。
界面如下图所示。
填写主机IP，用户名，密码和端口（FTP未指定可不填，SSH默认22），然后可以连接到服务器，进行文件交换。
默认情况下，左侧是本地目录，右侧是远程（服务器）目录。文件支持鼠标拖拽，也可以点击鼠标右键下载。
最下面会显示下载/上传的进度。
2018年5月2日

分类： Tools

Tassel结果的曼哈顿图绘制工具

本页短链接：https://wp.me/p80aHo-7m