QTL IciMapping是中国农业科学院作物科学研究所开发的一款整合型的QTL作图工具。
软件集成8大功能
（1）BIN，冗余标记去除；
（2）MAP，连锁图谱构建；
（3）CMP：多图谱共有标记分析；
（4）SDL，分离失真基因座图谱构建；
（5）BIP，加、显性和双基因上位效应作图；
（6）MET，执行G×E，多环境需要多个输入文件；
（7）CSL，染色体片段置换系的加、显、上位性作图；
（8）NAM，NAM群体的QTL作图。
其中，前4项功能只需要分子标记信息即可进行，后4项功能既需要分子标记信息也需要表型数据。
群体类型
群体类型不同，等位基因及基因型的理论频率不同，QTL IciMapping将群体分为20个类型+一个NAM群体，如图所示：
理论频率如下表：
| Population no. | Full name | Genotype | Allele | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| AA | AB | BB | A | B | ||
| 1 | P1BC1F1 | 0.5 | 0.5 | 0 | 0.75 | 0.25 |
| 2 | P2BC1F1 | 0 | 0.5 | 0.5 | 0.25 | 0.75 |
| 3 | F1DH | 0.5 | 0 | 0.5 | 0.5 | 0.5 |
| 4 | F1RIL | 0.5 | 0 | 0.5 | 0.5 | 0.5 |
| 5 | P1BC1RIL | 0.75 | 0 | 0.25 | 0.75 | 0.25 |
| 6 | P2BC1RIL | 0.25 | 0 | 0.75 | 0.25 | 0.75 |
| 7 | F2 | 0.25 | 0.5 | 0.25 | 0.5 | 0.5 |
| 8 | F3 | 0.375 | 0.25 | 0.375 | 0.5 | 0.5 |
| 9 | P1BC2F1 | 0.75 | 0.25 | 0 | 0.875 | 0.125 |
| 10 | P2BC2F1 | 0 | 0.25 | 0.75 | 0.125 | 0.875 |
| 11 | P1BC2RIL | 0.875 | 0 | 0.125 | 0.875 | 0.125 |
| 12 | P2BC2RIL | 0.125 | 0 | 0.875 | 0.125 | 0.875 |
| 13 | P1BC1F2 | 0.625 | 0.25 | 0.125 | 0.75 | 0.25 |
| 14 | P2BC1F2 | 0.125 | 0.25 | 0.625 | 0.25 | 0.75 |
| 15 | P1BC2F2 | 0.8125 | 0.125 | 0.0625 | 0.875 | 0.125 |
| 16 | P2BC2F2 | 0.0625 | 0.125 | 0.8125 | 0.125 | 0.875 |
| 17 | P1BC1DH | 0.75 | 0 | 0.25 | 0.75 | 0.25 |
| 18 | P2BC1DH | 0.25 | 0 | 0.75 | 0.25 | 0.75 |
| 19 | P1BC2DH | 0.875 | 0 | 0.125 | 0.875 | 0.125 |
| 20 | P2BC2DH | 0.125 | 0 | 0.875 | 0.125 | 0.875 |
AA和BB是两个亲本贡献的基因型。
等位基因编码表
| Genotype | AA | AB | BB | Missing | AB + AA | AB + BB |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Encoding options | 2 | 1 | 0 | − 1 | 12, D | 10, R |
| A | H | B | X | AH, HA | BH, HB | |
| AA | AB | BB | XX | AX, XA | BX, XB | |
| BA | * | A*, *A | B*, *B | |||
| ** | A_, _A | B_, _B | ||||
| Encoding by number | 2 | 1 | 0 | − 1 | 12 | 10 |
| Encoding by single letter | A | H | B | X | D | R |
| Encoding by double letters | AA | AB | BB | XX | AX | XB |
比较推荐使用数字编码规则，即亲本1=2，亲本2=0，杂合=1，缺失=-1。在孟德尔遗传条件下，无法区分杂合和纯和显性的情况下，使用12和10，SNP标记由于可以确定和某一个亲本一致，因此用不到这两项。
输出文件
| MTP | 在遗传群体中，不同标记和分离失真的卡方检验的频率 |
| SUM | 构建组合连锁图谱的概要 |
| LOD | 组合连锁关系（针对独立继承）的成对标记LOD值测试的下三角矩阵 |
| REC | 标记成对组合重组率估计估计的下三角矩阵 |
| DIS | 从组合重组率计算标记成对遗传距离（cM）的下三角矩阵 |
| SDL | SDL功能的输入文件，用于分离失真基因座作图 |
| BIP | BIL功能的输入文件，可在添加表型文件后进行加性和上位性作图 |
| MET | MET功能的输入文件，添加多环境数据后，计算QTL与环境互作 |
名词解释
染色体片段置换系（CSS，chromosome segment substitution），也叫做渐渗系（introgression lines），通常需要经过反复回交（有时使用分子标记来辅助选择），突出目标片段，而使非有效基因座上的基因替换为已知背景。在理想状态下，每个片段中包含一个QTL，去除背景，很容易验证是否片段中携带QTL。然而，CSS群体的构建需要很长时间，而且工作量巨大。在低世代的CSS中，有些片段含有多个QTL。在高强度的选择下，基因和标记的频率不遵循孟德尔遗传定律。因此，CSS的QTL作图方法采用基于逐步回归的似然比检测（stepwise regression-based likelihood ratio test，RSTEP-LRT）。
NAM（nested association mapping）群体，是巢式关联作图群体，由一个共同亲本和多个亲本产生的若干RIL家系组成的多重交叉组配设计群体。对NAM群体的QTL方法叫联合复合区间作图群体（ joint inclusive composite interval mapping，JICIM）。
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