甲基化是一种重要的生物化学过程，涉及将甲基基团（-CH3）添加到分子上。这种修饰可以影响分子的功能和活性，并在许多生物过程中发挥关键作用，包括基因表达调控、DNA修复、细胞信号传导和蛋白质功能。在哺乳动物中，最常见的甲基化形式是5-甲基胞嘧啶，即甲基基团被添加到胞嘧啶的第5碳原子上。
甲基化测序一般有两种常见方法：
（1）TAPS方法；（2）重亚硫酸氢盐法。
第一种方法用TET酶，将甲基化的C碱基转换成
然后在吡啶硼烷的作用下转变成二氢尿嘧啶。
二氢尿嘧啶在PCR的过程中会被识别成T。这样，C就变成了T，通过测序，比较哪些C变成了T，则知道哪些被甲基化了。转化效率99%。
第二种方法是用亚硫酸氢盐处理，没有甲基化的的C会与亚硫酸氢根反应，并结合到6位。结合了亚硫酸氢根的非甲基化的C会脱氨基、脱亚硫酸氢根，形成U。根据测序，看C是否变成T来确定该位点是否被甲基化或羟甲基化。变化的是没有甲基化的位点，没有变化的是具有甲基化的位点。转化效率99%。
甲基化和羟甲基化的区分。使用高钌酸钾（KRuO4）处理羟基化的C，可以生成甲酰化的C，在亚硫酸氢盐的作用下变成U。而甲基化的C不能被转化成U。转化效率94%左右。
需要注意的是，亚硫酸氢盐会引起DNA断裂，但是其使用的PCR循环数较少，不易引起PCR重复次数不同导致的文库不均一性。
当碱基非常平衡时，也就是A、T、C、G比例协调时，检测的准确性较高。然而，由于亚硫酸氢盐把C变成了T，会造成比例极不协调，测序准确性大幅降低。此时，通常在测序时加入基因组文库，以平衡碱基比例。
检测C的转化效率，用大肠杆菌生产出来的完全没有甲基化的λ噬菌体DNA做内参。也可以使用完全甲基化的CpG岛查看甲基化对亚硫酸氢盐的抵抗效应。
测得得结果需要与基因组DNA进行比对，但是，由于所有得C都变成了T，直接比对是不对不上的，需要将基因组DNA的C都变成T；同时，将反义链的G变成A，才能比对上。
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