这款芯片上主要布满了无数的小孔，每个小孔刚好可以放入一个微珠。每个微珠上都只含有同一种序列，但是数量很多，可能有几十万个。这上面的序列包含73个碱基，前23个序列是地址序列，剩下的50个是探针序列。地址序列用来识别探针序列，探针序列用于与目标DNA互补。
通过荧光标记的互补序列，可以通过荧光信号的位置和强度来识别每个小孔中微珠的Address序列，结果保存在.dmtp文件中，是后期分析中的重要。
Illumina使用的芯片扫描仪，只能识别2种颜色，而碱基有4种，需要一些巧妙的设计来区分。
二硝基苯用来修饰A或T，生物素修饰C和G。同时，红色荧光标记的二硝基苯抗体（与二硝基苯结合），绿色荧光标记的链霉亲和素（与生物素结合）。当探针连接到待测碱基前一个时，那么，就可以根据荧光的颜色区分出A:C、A:G、T:C、T:G了。
当探针序列覆盖到待测碱基上时，会出现两种情况：（1）覆盖的碱基互补，则连接下一个碱基，发光；（2）覆盖的碱基不互补，则不能再连上碱基，不发光。若检测A碱基的探针不发光，而检测T碱基的探针发光，则目标是一个A碱基的纯合子，反之则是T碱基的纯合子。若A和T碱基的探针都发光，则是A-T杂合子。
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