SSR位点粗预测工具

微卫星（SSR）位点是指在基因组中存在的短串联重复序列（Simple Sequence Repeats，SSR），也称为微卫星。这些重复序列通常由1-6个碱基组成，如ACACACACAC。微卫星位点在基因组中广泛存在，对于遗传变异和进化研究具有重要意义。

SSR位点的特点是具有高度多态性和遗传稳定性，因此被广泛应用于遗传图谱构建、种质资源鉴定、基因定位和遗传标记辅助选择等领域。

对于一些未进行过SSR分析的基因组数据，可以使用该工具分析，获得可能的SSR位点。

可能的微卫星组合，我们已经集成到了`SSR_template.txt`中，当然你也可以自定义里面的内容。程序会自动遍历所有情况并给出最终结果。使用程序时，请将该文件与待分析的FASTA文件放在同一个文件夹内。

本工具可以匹配所有的SSR可能性，并且将上游200k和下游100k与SSR区段一起输出。以便进一步分析。

使用方法

打开RStudio，输入下面的命令，然后根据提示，依次选择文件存放的目录，FASTA文件，`SSR_template.txt`。若是第一次运行，程序会弹出对话框，选择每种SSR重复的次数，默认值已经在输入框中。

source("https://dataholdcn.cn/R/SSR_predicting/SSR_predicting.R")

程序运行完成，在相同目录下，会生成一个`*_SSR.csv`文件。

需要注意的是，这里面会有重复的，比如A重复10次和AA重复五次的结果就是一样的。可以使用Excel的去重功能删掉。

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