标签: manhattan

  • Tassel结果的曼哈顿图绘制工具

    【功能】

    利用Tassel绘制的曼哈顿图并不好看, 可以利用该工具重新绘制曼哈顿图用于文章发表。

    【测试】

    安阳农科院 宋俊乔

    新疆农业大学 任姣姣

    沈阳农业大学 陈珊

    沈阳农业大学 刘美玲

    【图片展示】

    【更新历史】

    2023年5月9日

    • 修正了CMplot包更新导致的问题。

    2020年8月17日

    • 增加了国内线路。

    2020年8月6日

    • 增加了QQ图的绘制。

    2020年7月30日

    • 修复了多性状画图出错的BUG。
    • 修复了染色体中有NA画图出错的BUG。
    • 增加了显示性状名称作为图片标题。

    2020年7月1日

    • 修正了数据无NA时报错的BUG。

    2020年6月16日

    • 增加了画阈值线功能,阈值需要用1e-x表示,无阈值线写NULL。

    2020年1月14日

    • 增加了自动去掉None数据的功能,避免程序出错。
    • 结果自动命名为【原文件名_性状名】的形式。

    2020年1月13日

    • 利用CMplot包画TASSEL计算的结果的曼哈顿图。

    【使用方法】

    在Rstudio中运行下列代码。然后选择需要作图的TASSEL生成文件。文件名和路径中不要有中文,否则出错。

    海外:


    rm(list=ls())
    threshold_line <- 1e-06   # threshold = 6 LOD or NULL
    source("https://aozhangchina.github.io/R/manhattanPlot/manhattanPlot.r")   # 加载程序文件,需要联网

    国内:


    rm(list=ls())
    threshold_line <- 1e-06   # threshold = 6 LOD or NULL
    source("https://dataholdcn.cn/R/manhattanPlot/manhattanPlot.r")   # 加载程序文件,需要联网


    本页短链接:https://wp.me/p80aHo-7m