这是一个模拟序列状态的实用统计工具。例如，与DNA序列相关的字符序列。序列中字符的同一性只依赖于紧邻前一个字符的同一性，从而模拟一些生物分子序列中的单独相关性。
例如，P(C|T)表示当前字符为T下一个字符为C的概率。对于不同的DNA序列模型，这些概率有不同的值。例如，在CpG岛序列低于限额的序列中，P（G|C）的概率会非常小。
| 下 | 一 | 字 | 符 | |
| A | T | C | G | |
| 当 | P(A|A) | P(A|T) | P(A|C) | P(A|G) |
| 前 | P(T|A) | P(T|T) | P(T|C) | P(T|G) |
| 字 | P(C|A) | P(C|T) | P(C|C) | P(C|G) |
| 符 | P(G|A) | P(G|T) | P(G|C) | P(G|G) |