Ion Torrent测序技术是一种基于半导体的下一代测序（Next-Generation Sequencing, NGS）技术。它利用了半导体芯片上的微电极来直接检测DNA合成过程中产生的氢离子H+。
在DNA合成过程中，每当一个新的核苷酸被DNA聚合酶加入到生长中的DNA链上时，一个氢离子会被释放出来。Ion Torrent技术的关键在于，它使用一个半导体芯片来检测这些氢离子的释放。每个微孔（well）中的DNA合成事件会导致局部的pH值变化，这种微小的pH变化可以通过半导体芯片上的微电极转化为电信号。然后，这些电信号被检测并记录下来，最终转换为DNA序列信息。
具体步骤：
（1）文库构建
与大部分文库构建方式相同。
（2）文库加接头
正常的带有PCR引物的序列会引起测序读长缩短，针对这种情况，用PuFa试剂去除大部分引物序列（专门修饰过的引物序列）。再对这些含有少量引物的序列加接头。
接头包括3种，P1接头，A接头和X接头。X接头是在A接头的基础上，增加了barcode，用于区分不同的样本。A接头用于测序起始。P1接头连接微珠。
（3）油包水PCR（emulsion PCR）
用油相把水项（小液滴）分开，水项中包含了测序所需的所有物质。微珠表面布满了与P1接头互补的序列，用于捕获目标序列。PCR之后，磁珠表面会积累很多小液滴。
PCR引物携带生物素，会与磁珠上带有的链霉亲和素紧密结合，再被磁铁吸附，实现与其他杂质的分离。
（4）芯片测序
Ion Torrent芯片上有数千万个小孔，每个小孔容纳1个测序磁珠。每个小孔相当于一个PH计，可以根据酸性的变化确定是否连接上碱基。每次测试时，将特定的dNTP流过小孔，若发生连接，则会有PH变化，否则PH保持不变，PH改变后的电信号传入电脑，确定该碱基。
需要注意的时，油包水PCR中，每个液滴如果包含了多个克隆，那么测序是不准确的。