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全基因组选择的主要有点有：

1. 提高育种项目的效率，增加选择强度，缩短选择时间，增大发现新品种的概率。
2. 适合对难以测量和“看不见”的特征进行选择，如病害、花粉粒等。
3. 适合极端天气的育种，极端天气难以遇到或难以适时遇到，但只要积累过目标群体的表型性状就可以实施GS。
4. 随着测序费用的降低，可以减少育种项目所需的时间和成本，同时节约农民和消费者的花销。