数据控|突破是我们的每一步

  • 中秋赋诗——墨西哥中秋赏月

    图片中为最先创作的诗，感觉表现不够强烈，对后两句首字做了修改。

    危月悬宇上，

    明灯映辉煌。

    何羡繁星广，

    明宿照家乡。

  • 【讨论】没有狂犬病的墨西哥，要打狂犬疫苗吗？

    　　一旦被狗咬伤，中国人的第一反应是打狂犬疫苗。然而，有一个国度，很少有人会想到为自己注射狂犬疫苗。

    　　墨西哥，一个爱狗的国家，狗通常被视为家人。大街小巷，随处都能见到各式各样的狗，无论白天还是夜晚，犬吠总是萦绕耳畔。在这样一个狗的天堂，应该有很多被狗咬伤的病例吧？这不，一位访问学者的母亲，不幸成为了被狗咬伤的病例。

    　　若是在国内，估计每个人的第一反应都是打狂犬疫苗。然而，墨西哥医院的大夫只是简单处理了一下伤口，并未提及任何有关注射疫苗的事情，仅仅要求患者在家观察，观察狗是否有异样。不幸的是，这条狗不是家养犬，而是一条流浪狗，咬人之后就再也找不到了。我的天，狂犬病发作可不是闹着玩的，要出人命的，恐惧的气氛越发凝重。

    　　咨询了一位四十多岁的墨西哥老哥，得到的答复是，狂犬疫苗是给狗打的，没听说要给人打。

    　　什么？狂犬疫苗是给狗打的！！！真是一个惊人的消息。在网上查了查，墨西哥居然在2019年成为世界卫生组织认证的首个消除了由犬类传播狂犬病造成的人类死亡的国家（https://www.who.int/zh/news-room/fact-sheets/detail/rabies）。

    　　即便这样，好像总是觉得不放心，不怕一万就怕万一，再怎样也得吃颗定心丸。几经周折，国内的某个帖子提及了墨西哥城的一家私人诊所可以注射狂犬疫苗。一连五针，这件事终于告一段落。

    　　神奇的是，这么多狗，墨西哥是如何消灭狂犬病的呢？

    　　原来，墨西哥官方会要求家养犬需要定期到指定地点免费注射狂犬疫苗。贴心的墨西哥政府还会组织人员给流浪犬注射，久而久之，狂犬病就消失了。

    　　墨西哥已经从发达国家滑落到发展中国家，很多地方比中国差得远。但是，在注射狂犬疫苗这件事上，墨西哥的做法很值得提倡。免费为狗注射狂犬疫苗，既消灭了狂犬病，也避免了疫苗可能对人体造成的副作用，点个赞。

  • 国家基金本子书写

    1. 大概两三万字。
    2. 语言要凝练、准确、专业。

    基础研究是整个科学体系的源头，是所有技术问题的总机关。要瞄准世界前沿，强化基础研究，实现前瞻性基础研究，引领性原创成果重大突破。

    立项要求：

    1. 突出原创性的研究。
    2. 聚焦前沿，独辟蹊径。
    3. 需求牵引，需求要用数字说话，怎么突破瓶颈。

    题目：

    1. 精炼、一目了然、开门见山
    2. 材料、做什么事、做什么

    国家基金题目查询系统：

    https://www.medsci.cn/sci/nsfc.do

    http://www.izaiwen.cn/

    立项依据：

    1. 2-3页，4000-8000字。
    2. 知识清零，重新看文献。
    3. 精炼、总结，一句话可以引用多个参考文献。

    研究意义：2段，一段科普，一段科学。

    国内外的研究现状：高度凝练的概括。

    本课题组前期研究的进展、发展和启示：不要太大，半页。

    研究思路：切入点。

    研究内容、研究目标，以及拟解决的科学问题：

    每一个部分之前都有一个前言，然后分（1）（2）（3）这样的内容

    研究内容：2-4个。每个大内容中要有小内容。为什么做这个内容、做这个内容能够得到什么。

    研究目标：最终目标。

    拟解决的科学问题：科学问题是什么，用什么方法解决。

    研究方案和可行性分析：

    （1）研究方法、技术路线、实验手段、关键技术

    植物材料（拉丁文名称）、如何取样、样本量、重复次数、文献依据、技术路线（画龙点睛）。

    需要具体说明。不要抄，注意查重。

    根据内容来，每个内容用什么方法，怎么做，实验具体步骤。

    技术路线要体现前期工作，需要研究的部分，可以辅助完成研究的部分。

    （2）可行性分析

    理论、技术、材料、团队

    特色与创新

    理论上达到什么高度。

    技术上实现什么突破。

    材料上有什么创新。

    前期基础与工作条件

    与工作相关的基础。相关的工作多提。分直接的工作（重点）和间接的工作。

    介绍重点实验室、平台。

    承担的项目

    和上一个项目的相关性。

    摘要

    研究目标，研究内容（首先、其次，再次）。

  • 【新闻报道】Crop Journal推送利用全基因组选择技术预测玉米杂交种产量和自交系配合力

    Crop Journal推送了我的研究论文：

    原文题目：The Crop Journal | 沈阳农业大学联合CIMMYT研究利用全基因组选择技术预测玉米杂交种产量和自交系配合力

    微信推送地址：https://mp.weixin.qq.com/s/2zMA11I2BJ-zrcD2bk6V7A

    PDF版：maize_gs_hybridperformance_combiningabilities.pdf下载

    《中国食品报》报道：

    原文题目：中国玉米杂交育种预测技术取得新突破

    原文地址：http://www.cnfood.cn/article?id=1430702631572049922

    PDF版：网页中国玉米杂交育种预测技术取得新突破.pdf下载
    PDF版：中国玉米杂交育种预测技术取得新突破.pdf下载

  • 陆游的做事哲学

    陆游是南宋著名诗人，他曾经为教育自己的小儿子陆子聿而写下了一首七言绝句——《冬夜读书示子聿》。

    冬夜读书示子聿
古人学问无遗力，少壮工夫老始成。
纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行。

    题目中的“示”字在古文中表示给……看，引申为告诉、训诫。

    翻译：古代的人不遗余力的做学问，年少和青壮年时花费时间，直到老了才有所成就。书本上讲述的东西总是觉得不够深入，透彻的理解需要亲自尝试。

    很多事情，需要自己尝试过才能辨别真伪。书上写的是否过时，是否合理，只有实践过才知道。学习也好，工作也罢，不要停留在书本上，要勇于尝试，书写自己的篇章。

  • 【歌曲】《回梦游仙》

    作曲：骆集益

    填词：张敖

    全民K歌演唱：https://node.kg.qq.com/play?s=OOHuneO14ayQBOmu&g_f=personal&appsource=

    　　《梦回游仙》是著名RPG游戏《仙剑奇侠传4》的官方主题曲，曲调悲伤，荡气回肠。本次填词将《仙剑奇侠传1》的内容填入其中——结合1代和2代的主题：宿命、轮回，无论如何挣扎，即便知道结局不会改变，依然为了心爱的人，拾起剑重新开始……另外，加入了正邪、神魔的思考，取自酒剑仙因蝶妖彩衣为爱牺牲的思考。

    恨苍天 忆誓言

    风吹残烛泪满颜

    残书卷 梦回仙 轮回从前

    十年一剑

    忘记了时间

    谁御这剑遂愿

    风度翩翩

    赠美酒结仙缘

    结伴江湖 为红颜

    历天堑 月难圆

    弱水一瓢路三千

    寻古道 觅剑仙

    繁华不过一瞬间

    恨苍天 忆誓言

    风吹残烛泪满颜

    残书卷 梦回仙 亦如从前

    听草喧 心亦癫

    气吞日月醉人间

    斩妖怪 斗魔仙 是非难分辨

    尘封的剑

    唤醒了时间

    依稀往事缱绻

    一生一梦

    知己未再相逢

    徒留悲痛接踵

    问苍天 苦海边

    莫名回到了原点

    喜笑颜 手相牵 哪怕是最后一面

    风潇潇 身疲倦

    不愿前行放下剑

    恨只恨 宿命决

    结局从未改变

    恨苍天 忆誓言

    风吹残烛泪满颜

    残书卷 梦回仙 再续前缘

    历天堑 月难圆

    弱水一瓢路三千

    泪已干 心未倦

    执剑向前 续前缘

    https://datahold.cn/?p=1570

  • 如何打出共同第一作者的符号——双剑号

    有些SCI期刊，共同第一作者，会用 ‡ 符号表示。这个符号名叫双剑号。

    最简单的方法是，从这里直接复制过去。

    另外，将输入法转换成英语，然后按住ALT键不放，再按小键盘的0135，松开ALT键即可。 ‡

    单剑号是0134。†

    0可以省略。

  • sommer包的GbyE分析

    sommer包可以做单环境模型、主效应模型、对角线模型（DG）、复合对称模型（CS）、复合对称+对角线模型（CS+DG）、非结构化模型（US）、随机回归模型（RR）和协方差结构G×E。当然，还可以有其他自己的组合。

    library(sommer)
data(DT_example)
DT <- DT_example  # 41个土豆材料，1个地点，3个年份=3个环境
A <- A_example   # 系谱矩阵
# 1. 单地点
# BLUP
ansSingle <- mmer(Yield~1,
                  random= ~ vs(Name, Gu=A),
                  rcov= ~ units,
                  data=DT, verbose = FALSE)
summary(ansSingle)

# 2. 主效应，假设没有基因型与环境互作
# 环境作为固定效应+BLUP
ansMain <- mmer(Yield~Env,
                random= ~ vs(Name, Gu=A),
                rcov= ~ units,
                data=DT, verbose = FALSE)
summary(ansMain)

# 3. 对角线模型
# 假设存在基因型与环境互作
# 假设每个环境基因型的方差不同
# 每个环境单独拟合基因型效应
# 缺点：没有环境间的协方差（每个环境为不同个体）
# 环境作为固定效应+单环境的BLUP（环境的对角线矩阵）
ansDG <- mmer(Yield~Env,
              random= ~ vs(ds(Env),Name, Gu=A),
              rcov= ~ units,
              data=DT, verbose = FALSE)
summary(ansDG)

# 4. 复合对称模型
# 假设存在基因型与环境互作
# 主要的基因型方差协方差分量跨所有环境
# 假设主要的基因型效应被跨环境效应影响
# 缺点：各环境之间有相同的方差-协方差
# 环境作为固定效应+BLUP+GEI
E <- diag(length(unique(DT$Env)))   # 环境的对角线矩阵
rownames(E) <- colnames(E) <- unique(DT$Env)   #  添加环境名称
# 克罗内克乘积，矩阵1的每一项×矩阵2的每一项
# 若矩阵1是m×n，矩阵2是p×q，则克罗内克乘积是mp×nq的方形矩阵
# make.dimnames表示添加行名列名
EA <- kronecker(E,A, make.dimnames = TRUE)
ansCS <- mmer(Yield~Env,
              random= ~ vs(Name, Gu=A) + vs(Env:Name, Gu=EA),
              rcov= ~ units,
              data=DT, verbose = FALSE)
summary(ansCS)

# 5. 复合对称+对角线模型
# 假设存在基因型与环境互作
# 假设每个环境都有不同的基因型与环境互作方差
# 缺点：各环境有相同的协方差
# 环境作为固定效应+BLUP+每个地点的基因型与环境互作效应
ansMain <- mmer(Yield~Env,
                random= ~ vs(Name, Gu=A) + vs(ds(Env),Name, Gu=A),
                rcov= ~ units,
                data=DT, verbose = FALSE)
summary(ansMain)

# 6. 非结构化模型
# 假设存在基因型与环境互作
# 非结构化模型可以得到尽可能多的环境到环境组合的协方差
# 缺点：方差分量很大，方差组分很难收敛，一些方差协方差组分是零，且很难有良好的初始值
# 环境作为固定效应+单环境BLUP（协方差调整）
ansUS <- mmer(Yield~Env,
              random= ~ vs(us(Env),Name, Gu=A),
              rcov= ~ units,
              data=DT, verbose = FALSE)
summary(ansUS)

# 7. 随机回归模型
# 假设环境可以视为连续变量，因此，截距和斜率的方差组分可以被拟合
# 方差分量的数量将依赖于Legendre多项式拟合的阶数(leg函数)
GBIT.library("orthopolynom")
DT$EnvN <- as.numeric(as.factor(DT$Env))
ansRR <- mmer(Yield~Env,
              random= ~ vs(leg(EnvN,1),Name),
              rcov= ~ units,
              data=DT, verbose = FALSE)
summary(ansRR)
# 此外，其他结构的方差协方差矩阵可以应用于这个多项式
GBIT.library("orthopolynom")
DT$EnvN <- as.numeric(as.factor(DT$Env))
ansRR <- mmer(Yield~Env,
              random= ~ vs(us(leg(EnvN,1)),Name),
              rcov= ~ units,
              data=DT, verbose = FALSE)
summary(ansRR)

# 8. 基因型环境互作协方差结构
# 不常用，但1阶自回归和其他协方差结构可以应用于GEI模型
# 
E <- AR1(DT$Env) # can be AR1() or CS(), etc.
rownames(E) <- colnames(E) <- unique(DT$Env)
EA <- kronecker(E,A, make.dimnames = TRUE)
ansCS <- mmer(Yield~Env,
              random= ~ vs(Name, Gu=A) + vs(Env:Name, Gu=EA),
              rcov= ~ units,
              data=DT, verbose = FALSE)
summary(ansCS)

    sommer使用直接反演（DI）算法，大数据集会非常缓慢。该包比较适合p>n，即随机效应水平大于材料数。1000个材料，2个重复，2000个记录，或者300个材料，100000个标记，sommer包能快速完成。

  • 【新闻报道】新时代教师准则

    为人师表，严于利己，忠于祖国，立德树人。

  • 墨西哥神话与玉米

    　　墨西哥有着非常古老的文明，人类活动大致可追溯到四万年前。著名的文明有美洲最古老的奥尔梅克（Olmec，西班牙语发音：奥哩梅克，重音在前）、最早建立美洲城市的特奥蒂瓦坎（Teotihuacan，碟呕蒂瓦干，重音在gan）、托尔特克（Toltec，西语发音：都了待克，重音在tec）、玛雅文明（maya）、阿兹特克（Aztec，阿滋dei克，重音在tec）。

    　　阿兹特克文明距离我们最近，神话也比前面几个丰富一些。一切要从创世说起。

    　　在一片混沌之中，什么都是融合在一起的，没有天，没有地，没有人，没有万物。此时，只有一位神，叫做——奥梅特奥特尔（Ometeotl，发音：欧美蒂凹了，译为双神），是一位对立统一的神，既是光明又是黑暗，既是秩序又是混乱，既是天又是地，既是男又是女。这和我国的“道”很接近，阴阳相合。《道德经》中有“道生一，一生二，二生三，三生万物”的记载。道实际上代表的就是这样一个初始的状态，用现代宇宙观表示为宇宙大爆炸之前的奇异点。不同的是，这位原始神没有生二、生三，直接生下了四个神。这四个神创造和统治我们的世界很长时间。随后原始神去往天界最高的第十三重天居住，可能因为祂从不与人类接触，以至于至今未发现任何一座阿兹特克神庙供奉祂。

    　　原始神生下的四个神分别是：特斯卡特利波卡（Tezcatlipoca，译为烟雾镜）、克察尔科瓦尔（Quetzalcōhuātl，羽蛇神）、维齐洛波奇特利（Huitzilopochtli，南方的蜂鸟或左蜂鸟）、西佩托堤克（Xipe Totec，剥皮之神）。四个神分不清谁大谁小，都具有创造世界和统治世界的能力。他们创造了很多东西，但是，他们创造出来的任何东西都会被一个半鳄半鱼的怪物吃掉。　　

    　　这个怪物叫做——西帕克特利（Cipactli），个性极为凶狠，无时无刻不处在饥饿的状态。它身上的每一个关节都长了一张嘴。烟雾镜牺牲了自己的一只脚，诱使它靠近后，联合羽蛇神、左蜂鸟和剥皮之神将它击杀，用它的身体创造了世界。

    　　阿兹特克人崇拜太阳，他们将历史分为五个纪元（太阳纪），每个纪元由一个太阳掌管。太阳纪从新的太阳出现开始，到人类毁灭结束。

    　　你若是去过墨西哥的Teotihuacan，很容易看到卖东西的小贩拿着刻有阿兹特克日历石的黑曜石。这块日历石记录了创世后的历史、历法、时间与空间，还有阿兹特克的宇宙观。由于阿兹特克日历石最中间的圈以及周围的四个图像是第五太阳纪和其他四个太阳纪的神，因此，这块石头也叫做太阳石。五个太阳纪的图案也出现在墨西哥10比索的硬币上。

    　　 烟雾镜变成了第一个太阳，即太阳历中间右上位置的头像。烟雾镜统治676年，居民为巨人，由于羽蛇神的嫉妒而毁灭。 羽蛇神驱使美洲虎，吞掉了巨人，纪元结束。

    　　羽蛇神变成了第二个太阳 ，即太阳历中间左上方的头像，羽蛇神是阿兹特克最重要的神，具有最多的故事传说，祂的一个形象是浑身长满羽毛的蛇。从墨西哥建筑上的头像来看，很像我国古代的龙。364年后，文明被烟雾镜刮起的飓风摧毁，羽蛇神将人变成了猴子，躲在树上。

    　　左蜂鸟变成了第三个太阳，太阳历中间左下，此时的子民是与我们一样大小的人，这个太阳纪经历了312年。羽蛇神驱动火雨降临大地，左蜂鸟将子民变成了火鸡。

    　　第四个太阳纪，太阳历中间右下，查尔奇乌特利奎（Chalchiuhtlicue，译为翡翠裙）变成太阳掌管大地，共676年。烟雾镜降下洪水，绝大部分人被卷入洪水，变成了鱼。圣经中和我国神话同样有大洪水的记录。

    　　经过四个太阳纪，众神商议，不要再互相拆台，并在Teotihuacan（译为众神造人之地，今玛雅金字塔遗址所在地）推选了托纳蒂乌跳入火堆作为太阳神——第五个太阳。另一个神特库西斯特卡特尔（龙蛇兰之神）也跳入了火堆，但是忍受不了火烧，成为了月亮，这里记录了月亮形成的原因和时间。风神埃埃卡特尔（传说是羽蛇神的一个面相）将他们吹入不同的轨道，永远运行。托纳蒂乌成为太阳后，要求诸神献出心脏，否者拒绝运行。因此，阿兹特克人认为需要活人献祭才能保证太阳的运转。第五太阳纪，始于纪元3113年，历经玛雅大周期5125年后，公元2012年12月22日终止。有些人误以为那一天是世界末日，因为之前每个太阳纪都以人类被消灭结束。但是，只有第五太阳纪完整运行了一个周期，另外四个都因神的争斗而毁灭。严格意义上讲，我们已经进入了第六个太阳纪，而第六太阳纪的太阳神可能依然是托纳蒂乌，亦或在不知不觉中换成了其他神。

    　　墨西哥是玉米的发源地，也是玉米祖先大刍草的产地。一个文明想要良好的发展，稳定、充足的食物必不可少，将墨西哥的几大文明说成是玉米文明并不为过，高产的玉米为部落发展乃至科技发展提供了前提条件。自古以来，墨西哥人以玉米为主食，时至今日，墨西哥仍有很多玉米做的食物，比如Taco，是一种用玉米饼夹着各种肉类、菌类、乌咪等的食品，在墨西哥非常流行（加菲猫动画中的墨西哥鸡肉卷实际上就是卷着鸡肉的Taco）。玉米饼可以直接食用，超市有白色、黄色和黑色的玉米饼售卖，每种颜色还包括软硬两种类型。此外，墨西哥人还食用烤玉米、煮玉米、玉米酥饼、炸玉米片、玉米粥等。

    　　在墨西哥的各个文明中除了有战神、火神、太阳神这些常规神，玉米神也是他们膜拜的对象，可见玉米在墨西哥的地位。传说，是羽蛇神给人们带来了玉米，同时，羽蛇神还主宰星辰、发明书籍、历法。羽蛇神是贯穿多个文明的神，托尔特尔、玛雅和阿兹特克都信奉祂。据记载，羽蛇神是身上长满羽毛的蛇，能够控制降雨提供水源，有些地方认为它是植物之神、农业之神。玛雅人在奇琴伊察建立了一个名为库库尔坎的金字塔，库库尔坎就是玛雅语中的羽蛇。在金字塔的北面两底角雕有两个蛇头。每年春分、秋分两天，太阳落山时，可以看到蛇头投射在地上的影子与许多个三角形连接在一起，宛若一条巨蛇从塔顶向大地游动，象征着在这两天羽蛇神降临和飞升，每一次，这个幻象持续整整3 小时22 分，分秒不差。羽蛇神庙的神奇不止于此，羽蛇神金字塔是墨西哥最古老的金字塔，最上层是羽蛇神的神庙，由于羽蛇神需要水，所以金字塔建立在一个满是水的深坑上。阶梯一共364级，加上神庙共365级，象征一年365天。金字塔底座成方形，朝向正东、正西、正南、正北四个方向。四周52个雕琢过的石板象征52年一个历法周期。

    　　羽蛇神与中国的龙有很多相似的地方，都能飞，都能控制降水，都是受人崇敬的神。很难解释，相隔万里，隔海相望，为何会有如此相似的神明。

    待完善。。。